El volante bosnio Armin Gigovic firmó el único gol del partido a los tres minutos.
La derrota supuso un nuevo revés para el Unión en una semana poco proclive a los intereses del único club de la capital en la primera categoría alemana.
El viernes, el Unión vio denegado su recurso después de que la Federación Alemana de Fútbol les restase un punto -y le diera tres al Bochum- tras un empate en casa (1-1) en diciembre.
El Bochum, también inmerso en la pelea por evitar el descenso, fue dado por ganador de aquel partido (2-0) después de que su portero fuese golpeado en la cabeza con un mechero lanzado desde la grada.
La victoria del Kiel este domingo, la cuarta de la temporada, permitió al club recién ascendido abandonar el puesto de colista.
El Kiel queda a un punto del Bochum, en posición de repesca, y a siete puntos del Unión Berlín (14º).
Los berlineses, que la temporada pasada jugaron contra Real Madrid y Nápoles en Liga de Campeones, sólo han ganado dos de sus 17 últimos compromisos.
En el otro partido del domingo, el Friburgo desperdició la oportunidad de alzarse al cuarto puesto después de empatar a cero en Augsburgo, un resultado que frena la racha de cuatro victorias seguidas en liga del Friburgo.
El cuadro visitante, dirigido por Julian Schuster, termina la semana en quinta posición, a un punto del Mainz, con lo que se mantiene en la carrera por entrar en Champions por primera vez en su historia.