La multa llega un año después de que el City pagara dos millones de libras (2,3 millones de euros) a la liga por incumplir las mismas normas sobre el retraso de los partidos.
El club aceptó y se disculpó por las infracciones, y confirmó que ha recordado a sus jugadores y al personal sus responsabilidades en el cumplimiento de las normas.
"Las normas relativas a los saques de salida y las reanudaciones ayudan a garantizar que la organización de la competición se ajusta al nivel profesional más alto posible y proporciona seguridad a los aficionados y a los clubes participantes", señaló la liga en un comunicado.
"También garantiza que la retransmisión de cada partido de la Premier League se ajuste al calendario".
Se impusieron multas por un total de 1,08 millones de libras (1,2 millones de euros) en relación con los partidos del City en casa contra el Southampton, el Tottenham Hotspur, el Nottingham Forest, el Manchester United, el West Ham United y el Newcastle United, y sus encuentros fuera contra el Crystal Palace, el Aston Villa y el Ipswich Town.
Los retrasos más prolongados fueron de dos minutos y 22 segundos cada uno en las reanudaciones contra el West Ham y el Ipswich.
El City está a la espera del veredicto de 115 cargos no relacionados por supuestas infracciones de las normas del Juego Limpio Financiero (FFP).
Los cargos abarcan un periodo que va desde 2009 hasta la temporada 2022-23. El City siempre ha negado cualquier infracción.