El norirlandés, que terminó el día a dos golpes del líder Russell Henley, hizo un hoyo en el par tres del hoyo 15 de Spyglass Hill después de lanzar un wedge a 119 yardas del tee y directamente al hoyo.
"Honestamente, fue suerte, no veo muchas bolas hoy en día que vayan directas al hoyo y se queden en el hoyo", dijo McIlroy después.
"Bastante afortunado porque podría haber salido y volver al agua o hacer cualquier cosa. Fue un buen swing, un buen golpe de wedge".
El hoyo en uno de McIlroy fue lo más destacado de una ronda sin bogeys que también incluyó cuatro birdies y 13 pares.
Fue uno de los dos aces registrados por el irlandés durante la ronda inaugural del jueves, que se celebró en dos campos distintos del norte de California, en Spyglass Hill y Pebble Beach Golf Links.
El ex campeón del Abierto Británico , Shane Lowry, emuló a McIlroy, haciendo un "ac" en el séptimo hoyo, par tres, de 113 yardas, en el recorrido de Pebble Beach.
Lowry también hizo una ronda de seis bajo par, con cinco birdies y un bogey para un 66.
McIlroy y Lowry empataron en el octavo puesto con otros cinco jugadores con seis bajo par.
El número uno del mundo , Scottie Scheffler, por su parte, estaba a un golpe con cinco bajo par tras un 67 inicial.
Scheffler, que jugaba su primer torneo desde que se lesionó la mano en un extraño accidente durante la cena de Navidad del mes pasado, empezó despacio con un bogey en el primer hoyo en Spyglass Hill.
Sin embargo, pronto se puso en forma, con dos birdies antes de la vuelta y cuatro más en la recta final para terminar el día a tres del liderato.
Por su parte, Henley, compatriota estadounidense de Scheffler, se hizo con el liderato en solitario de la primera ronda con un brillante 64 bajo par en Spyglass Hill.
Henley llegó a la vuelta con cuatro bajo par después de hacer cuatro birdies en los primeros nueve hoyos, en los que no cometió bogeys, y luego bajó a siete bajo par con birdies en los hoyos 10, 11 y 13. Un bogey en el 14 puso fin a la primera ronda.
Un bogey en el 14 frenó su ímpetu, pero un birdie-birdie final en los hoyos 17 y 18 le dejó con una pequeña ventaja de un golpe.
"Es una buena manera de terminar y estoy entusiasmado con mi juego", dijo Henley.
"Siento que hoy el campo era mejor... hacía menos viento y llovía menos que en años anteriores", añadió. "Estaba leyendo bien los greenes y acertando mis líneas".
Una primera ronda con pocos puntos dejó a muchos jugadores a tiro de piedra de cara a la segunda ronda del viernes.
El austriaco Sepp Straka, que viene de una victoria en el American Express de Palm Springs hace dos semanas, es uno de los seis jugadores empatados en la segunda plaza tras firmar un 65 bajo par, con ocho birdies.
En el grupo perseguidor también se encuentra el inglés Justin Rose, cuyos 65 golpes en el campo de Pebble Beach incluyeron cuatro birdies en sus tres últimos hoyos, lo que le permitió ascender en la clasificación.
Rose cerró su ronda con un putt de 25 pies para birdie en el hoyo 18, par cuatro. Otros jugadores empatados en el segundo puesto son el noruego Viktor Hovland y el danés Rasmus Hojgaard.