El astro argentino, que volvía tras dos semanas de ausencia, se retiró del césped en el minuto 37, solo dos después de que también fuera sustituido el lateral español Jordi Alba.
El técnico Gerardo Martino, que había dado descanso a ambos la semana pasada por fatiga muscular, confirmó que serán baja en el próximo partido de liga ante el Orlando City y desconoce si estarán recuperados el 27 de septiembre para la final de la US Open Cup que, pese a ser un torneo menor en Estados Unidos, es la gran prioridad de la franquicia.
"Hay que ir día a día, sé que tenemos una final pero no entrarán en la cancha si no están en condiciones", dijo el 'Tata' a la prensa.
"Obviamente, no hay ninguna 'chance' de que el domingo vayan a estar" ante Orlando, avanzó Martino que, a falta de que lo confirmen los exámenes médicos, cree que ambos siguen con sus mismas dolencias.
"Son fatigas, no creo que haya lesión muscular", dijo Martino, que apuntó que Messi está teniendo problemas con una "cicatriz de una lesión vieja que le molesta".
El 'Diez' argentino, que tuvo dos buenas oportunidades para anotar, pidió el cambio sin haber sufrido ningún golpe cuando el marcador señalaba un empate sin goles en el estadio DRV PNK de Fort Lauderdale (afueras de Miami)
A sus 36 años y sin realizar pretemporada, Messi ha jugado 12 partidos con el Inter desde su debut el 21 de julio, un periodo frenético en el que guió la conquista de la Leagues Cup, el torneo conjunto con la liga mexicana.
La preocupación por el estado físico de Messi llevó a que la semana pasada viera desde el banquillo la victoria de Argentina en Bolivia y no fuera convocado para el choque del Inter en Atlanta.
Con la goleada del miércoles, el Inter ascendió un puesto hasta el decimotercer lugar de la Conferencia Este con 31 puntos, cinco por detrás del DC United que dirige Wayne Rooney, que ostenta provisionalmente el último boleto a las eliminatorias.
Doblete de Taylor
El Toronto FC, último clasificado del Este, generó acciones de peligro en el inicio del partido a través de sus figuras italianas, Lorenzo Insigne y Federico Bernardeschi.
Pero el equipo canadiense no supo aprovechar la marcha de Messi y Alba y en el minuto 45+3 regaló el primer gol al Inter, con un defectuoso despeje del arquero internacional salvadoreño Tomás Romero que dejó en bandeja la volea a las redes del joven argentino Facundo Farías.
El finlandés Robert Taylor, sustituto de Messi, amplió la ventaja en el 54 con una brillante acción individual y el joven argentino-estadounidense Benjamin Cremaschi puso el 3-0 al culminar un contragolpe en el 73.
El italiano Insigne rozó el gol del honor con un disparo al palo pero fue Taylor quien festejó de nuevo al colocar el definitivo 4-0 en el 87 tras una brillante asistencia de Farías.
Triplete de colombiano Hernández
Los resultados del miércoles también favorecieron al Inter, con derrotas o empates de los cinco equipos que tenía por delante en su camino hacia los playoffs salvo el New York City FC, que venció al Orlando City 2-0.
Uno de ellos, el Chicago Fire, fue goleado 3-0 por el Columbus Crew con un triplete de goles del colombiano Juan Camilo 'Cucho' Hernández en solo 23 minutos, dos de ellos de penalti.
Otro duelo con goles colombianos fue el triunfo del FC Dallas 3-1 ante el Real Salt Lake. Christian Arango abrió el marcador para Salt Lake y Jesús Ferreira firmó un doblete en la remontada de Dallas.
Entre los equipos que aseguraron una plaza en los playoffs estuvo Columbus, Orlando City, Philadelphia Union y St. Louis City, que sigue asombrando en su temporada de estreno en la MLS.
El Los Angeles Galaxy se resiste a la eliminación y levantó un 1-3 en contra ante el Minnesota United hasta imponerse 4-3, con un 'hat-trick' del veterano ariete inglés Billy Sharp y la diana definitiva del uruguayo Diego Fagúndez.
Por su parte, el Houston Dynamo, rival del Inter en la US Open Cup, goleó 4-1 al Vancouver Whitecaps con una diana de libre directo del mexicano Héctor Herrera.
Resultados de la jornada de la MLS:
Charlotte - Philadelphia Union 2-2
Columbus Crew - Chicago Fire 3-0
DC United - Atlanta United 1-1
Inter Miami - Toronto FC 4-0
Montreal - FC Cincinnati 1-1
New York City FC - Orlando City 2-0
New York Red Bulls - Austin 1-1
Houston Dynamo - Vancouver Whitecaps 4-1
Sporting Kansas City - Nasvhille SC 0-3
St. Louis City - Los Angeles FC 0-0
Colorado Rapids - Seattle Sounders 1-2
Real Salt Lake - FC Dallas 1-3
LA Galaxy - Minnesota United 4-3
Portland Timbers - San Jose Earthquakes 2-1