Los pupilos de Gerardo Martino fueron los primeros en avanzarse en el Explora Stadium, con una diana del joven hondureño David Ruiz en el minuto 52, pero los locales igualaron en el 66 por mediación del estadounidense Duncan McGuire.
Orlando, segundo clasificado de la Conferencia Este, adelantó líneas en busca del triunfo en este derbi de equipos de Florida pero el uruguayo Facundo Torres y el argentino Martín Ojeda desperdiciaron sus ocasiones.
Miami se mantiene así en la decimocuarta posición del Este a cinco puntos del último boleto a los playoffs, que ostenta el New York City FC, que ha jugado dos partidos más que el Inter.
El equipo de Martino encara ahora la final de la US Open Cup el miércoles frente al Houston Dynamo, para la que espera recuperar a Messi y Alba, aquejados de problemas físicos.
El miércoles, Messi y Alba tuvieron que ser sustituidos durante la primera mitad en el triunfo ante el Toronto FC. Martino dijo que ambos sufrían fatiga muscular y los descartó de inmediato para el duelo de este domingo, en el que también decidió dar descanso a Busquets.
Para compensar la baja de Messi, el 'Tata' alineó por primera vez juntos en la delantera al ecuatoriano Leonardo Campana y al venezolano Josef Martínez, quienes generaron la jugada del primer gol.
Campana lanzó un pase entre líneas para Martínez, cuyo potente remate fue desviado por el arquero peruano Pedro Gallese pero el rechace quedó en los pies de David Ruiz, que remachó a la red.
"Pensamos en la final"
El Inter, que estaba hundido en el último puesto del Este antes de la llegada de Messi, se colocaba entonces en el undécimo lugar a solo dos puntos de playoffs.
Apoyado por sus 25.000 aficionados, el Orlando se lanzó a impedirlo con una ofensiva de sus atacantes sudamericanos, que una y otra vez chocaron ante el arquero Drake Callender.
El premio para el City llegó cuando un rebote dejó a Maguire en un posición franca para lanzar un disparo que pasó por debajo de las piernas de Callender.
En los últimos compases del partido otros jugadores del Inter, como el joven argentino-estadounidense Benjamin Cremaschi, tuvieron que retirarse por fatiga.
La franquicia copropiedad de David Beckham ha vivido unos dos últimos meses frenéticos desde la llegada de Messi, en los que alzó el primer título de su historia en la Leagues Cup y se reenganchó a la pelea por los playoffs.
"No tuvimos el resultado que queríamos pero ahora estamos pensando en la final", declaró el joven David Ruiz a Apple TV+. Orlando "es un equipo bien competitivo, como nosotros. Lo tratamos lo más fuerte que pudimos pero éramos visitantes con aficionados de Orlando que nos pusieron presión".
En otro de los tres partidos del domingo, el New York City FC goleó 3-0 al Toronto FC con un gol del joven argentino Julián Fernández, aterrizado en agosto desde Vélez Sarsfield.
El delantero, de 19 años, colocó el 3-0 definitivo en una acción que arrancó con una combinación en su propio campo con el brasileño Talles Magno, que habilitó la carrera del argentino hasta definir en el área con un preciso zurdazo.
Este partido debía disputarse el sábado pero fue aplazado por la rotura de la tubería principal de agua del estadio Red Bull Arena, escenario del choque.
Resultados de la jornada de la MLS:
Sábado:
Atlanta United - Montreal 4-1
FC Cincinnati - Charlotte 3-0
DC United - New York Red Bulls 3-5
Philadelphia Union - Los Angeles FC 0-0
Chicago Fire - New England Revolution 2-2
FC Dallas - Columbus Crew 1-1
Sporting Kansas City - Houston Dynamo 2-1
Minnesota United - St. Louis City 1-2
Real Salt Lake - Vancouver Whitecaps 2-1
Portland Timbers - Colorado Rapids 3-2
San Jose Earthquakes - Nashville SC 1-1
Domingo:
New York City - Toronto FC 3-0
Orlando City - Inter Miami 1-1